مع توقيع الإمارات والبحرين اتفاقية سلام مع إسرائيل، تتجه أنظار المتسائلين حول من التالى بحماسة نحو الخرطوم ، وتعود العلاقات بين السودان واسرائيل الى جذور تاريخية قديمة تمتد الى ما قبل استقلال السودان، إذ مرت العلاقات بمراحل متفاوتة بين الازدهار والتدهور ، ولكن ما يميز تلك العلاقة على مر العقود أنها بقيت علاقات سرية، إلى أن بدأ الحديث عن تطبيع العلاقات بشكل رسمي عندما تحدث الرئيس السابق البشير عن نيته في تطبيع العلاقات مع دولة اسرائيل عام 2015.
تعد العلاقات مع إسرائيل من القضايا الجدلية في السودان الجديد – على سبيل المثال- تسبب لقاء البرهان مع رئيس الوزراء الإسرائيلى نتنياهو فى أوغندا يناير 2019 فى إحداث صدمة فى جميع أنحاء البلاد؛ ليس فقط بين الإسلاميين، ولكن بين العديد من القوى الليبرالية والعلمانية التى كانت فى طليعة الثورة وملتزمة بالتعددية.